La opción Anular factura es una herramienta de limpieza interna de nuestros registros de facturas y no debe utilizarse cuando la factura errónea ya ha sido expedida al cliente. Si la factura ha salido de nuestro dominio y el cliente la tiene, la única vía legal y fiscalmente correcta para corregirla es la Factura Rectificativa.
Factura generada por duplicado
Nuestra empresa emite la factura número 100 por un importe de 5.000,00 € más IVA. A continuación, emite la número 101 para el mismo cliente y por el mismo importe. Inmediatamente detectamos el error antes de haberle remitido estas facturas al cliente.
SOLUCIÓN: procederemos a anular la factura número 101 y sólo remitiremos al cliente la número 100. Para la AEAT sólo existe la factura 100 y en nuestra contabilidad sólo debe figurar esta venta.
NOTA: esta opción de anulación de factura también es válida para errores en las fechas o en las series de facturación. El único requisito es que se detecte y corrija antes de ser remitida al cliente.
NOTA 2: la siguiente factura que se expida será la 102. No se puede volver a usar el número 101, correspondiente a la factura anulada, de acuerdo a las exigencias del Reglamento de facturación: que la numeración de las facturas sea correlativa y continua.
En el momento de Validar la anulación de una factura, la aplicación nos advierte que sólo podemos hacerlo cuando no es exigible la expedición de una factura rectificativa.

La opción Subsanar factura se utiliza para corregir errores fácilmente reparables y que no afecta los importes clave (base imponible, IVA o total). No se debe corregir la factura que tiene el cliente, que sigue siendo válida, solo se corrige el registro que tiene la AEAT.
En la práctica, la Aplicación de facturación de la AEAT sólo permite subsanaciones sobre la información de pago de la factura:

La factura rectificativa es un documento obligatorio que se emite para anular o modificar una factura ordinaria previamente expedida, corrigiendo errores de fondo que afectan a los importes (Base Imponible o cuota de IVA) o de forma.
Hay varios casos en los que se puede expedir una factura rectificativa, pero los más habituales se deben a devoluciones de mercancías, descuentos o bonificaciones posteriores a la venta, o para corregir errores fiscales o formales de la factura inicial, debiendo hacer siempre referencia expresa y clara a la factura original que está siendo modificada.
Antes de realizar una factura rectificativa debemos conocer la naturaleza de la rectificación, dado que hay hasta 4 claves distintas entre las que elegir.
Clave R1, la más común
La Aplicación de facturación de la AEAT la describe formalmente como Factura Rectificativa - Error fundado en derecho y Art. 80 Uno Dos y Seis LIVA (R1). Veamos ejemplos de cada caso.
Clave R2, para créditos incobrables
Si se cumplen las 3 condiciones, una vez finalizado el año, la empresa dispone de 3 meses para confeccionar esta factura rectificativa por el importe total y así recuperar el IVA de la misma.
Clave R3, en concursos de acreedores
Cuando se dicta un auto de declaración de un cliente en concurso de acreedores, se puede recuperar el IVA de la factura del moroso más rápido que en el caso R2. No hay que esperar un año y la factura rectificativa puede expedirse en los 3 meses siguientes a la publicación en el BOE del auto de declaración de concurso.
Clave R4, otros casos
Veamos el proceso para generar una factura rectificativa a partir de una existente usando la opción Generar factura rectificativa. Supongamos que concedemos un descuento adicional de 200,00 € a nuestro cliente como rappel por alcanzar un importe determinado de ventas.
1- Datos formales de la factura rectificativa
Lo primero que debemos hacer es asignar serie y número a la factura rectificativa, indicar qué tipo de rectificativa es y elegir un motivo de rectificación en una tabla cerrada de la AEAT.

2- Cuantificación de la rectificación

3- Resultado final: factura rectificativa
Una vez validemos nuestra factura, podremos previsualizarla. En ella observamos dos descripciones de factura (la rectificativa y la rectificada), la descripción de la operación y su valoración (en negativo). El modelo de factura no muestra el tipo de rectificación (R1) ni el motivo. Son datos que se trasladan internamente a la AEAT.

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